Для того, чтобы разобраться в смысле этого выражения, надо понять что означает слово «погибель» в данном случае. Оно происходит не от «погибать», «умирать», как может сначала показаться, а от глагола «сгибать». «Три погибели» означает троекратный изгиб, а «согнуть в три погибели», соответственно, согнуть в три раза.
По одной из версий, происхождение фразы является весьма мрачным – считается, что она возникла в пыточных камерах Древней Руси. Там широко применялись разнообразные способы пыток; при применении некоторых из них людей буквально скручивали в три погибели. Отсюда становится понятен современный смысл выражения: полностью подчинить кого-либо своей воле.