Значение «разругать», «раскритиковать» появилось у этого оборота совсем недавно. А раньше у него был совсем другой смысл: сделать что-либо очень основательно, хорошо.
Этот фразеологизм родился в профессиональной речи столяров и краснодеревщиков. Изготовление мебели под ореховое дерево из других сортов древесины требовало большого труда и хорошего знания Дела.
Затем выражение разделать под орех проникло в русский литературный язык.
Таким же путем пришли в обиходную речь обороты топорная работа и без сучка и задоринки.