Очень глубоко, сильно (волновать, трогать и т. п.).
История про слепого мальчика Алёшу, помнится, проняла меня до кишков, как у нас говорили, несколько дней, засыпая, я чуть не плакал, представляя безмятежно бредущего навстречу собственной гибели слепого (В. Аксёнов. Комментарии к детству).
«Нет, ты скажи, можно выпить русскому человеку? Особенно ежели он сперва весь до кишков на ветру промёрз, после проголодался до самых костей» (В. Белов. Привычное дело).