Что означает это выражение? Откуда оно пришло к нам? Древний корень, от которого произошли слова морок, морока, означал «тьма», «мрак». Морочить голову, таким образом, означает «темнить».
Слово «морочить» в областных говорах русского языка означает: затемнять, затуманивать. На Урале и в Сибири существует выражение: «Пронесло тучу мороком», то есть «туманом», «мраком». Слово «морок» и есть русская форма славянского слова «мрак» (как «город» рядом с «градом»).
«Морочить голову» значит: дурачить, сбивать с толку, забивать голову пустяками.

Вот еще один вид толкования фразеологического оборота: «Морочить голову»
По существу, это не крылатое слово, а только выражение, в котором употреблено малоизвестное областное словечко, реже других встречающееся в литературном языке. Впрочем, мы говорим иногда «обморочить» в смысле «обмануть». Любопытно, что того же корня и всем известное слово «обморок» — затемнение сознания.